O Conselho Fiscal (COFIS) é o órgão superior de controle econômico-financeiro orçamentário e de auditoria interna da FLEM. É constituído por cinco membros escolhidos pelo Conselho de Administração – CONAD, para um mandato de dois anos, admitida sua recondução por igual período.
O Conselho Fiscal se reúne trimestralmente, em sessão ordinária e, extraordinariamente, quando convocado pelo seu Presidente, pelo CONAD, pelo Superintendente-geral da Fundação Luís Eduardo Magalhães (FLEM) ou a requerimento da maioria dos seus membros.